O CISA está situado numa área do continente africano onde, na proximidade, não existe nenhum outro centro de investigação com características semelhantes, localizados principalmente na África Oriental ou Central.

As instalações do CISA estão localizadas na cidade do Caxito, a 60 km de Luanda, no centro urbano do município do Dande, na Província do Bengo. Esta província ocupa um largo território que rodeia a província da capital, Luanda, com uma população, de acordo com o Recenseamento Geral da População de 2014, de 356 641 habitantes, fazendo fronteira a norte com as províncias do Zaire e do Uíge.

As três comunas do Município do Dande: Caxito, Mabubas e Úcua; foram definidas como a área de intervenção prioritária do Projeto CISA, tendo uma população de aproximadamente 60 000 habitantes distribuídos por 69 bairros com características quer urbanas, quer rurais.

O conhecimento da geografia da região, de algumas das suas características epidemiológicas, designadamente a existência de surtos de febres hemorrágicas, e as ligações viárias que existem na zona, ligando Luanda às províncias do Norte, foram alguns dos motivos da escolha deste local para a instalação do CISA.