O CISA foi promovido através de uma parceria, iniciada em 2007, entre o Governo angolano, o Governo português e a Fundação Calouste Gulbenkian, a quem ficou encarregue a gestão do projecto que levou à criação do CISA.

O projecto de criação do CISA tinha como objectivos funcionar como catalisador da investigação biomédica em Angola, contribuindo para a resolução dos principais problemas de saúde, através de investigação epidemiológica e clínica nas doenças mais prevalentes ou relevantes para a saúde pública em Angola.