A construção do CISA teve início há 11 anos com o lançamento da primeira pedra, a 24 de abril de 2009, no Caxito.
A parceria, que juntou o Ministério da Saúde de Angola, o Governo Provincial do Bengo, o Estado Português e a Fundação Calouste Gulbenkian, arrancou em outubro de 2007 com o projeto “Criação de um centro de investigação em Saúde em Angola” cujo principal objetivo nesta fase era a constituição da equipa e a criação de condições para a recolha de informação epidemiológica.
Em abril de 2009, foi feita a apresentação pública do CISA à comunidade científica, na Clínica Girassol e o lançamento simbólico da primeira pedra, com os representantes das instituições responsáveis pela criação do projeto.
